求助，抑癌基因的鉴定策略有知道的吗？

念家恋人

抑癌基因的鉴定策略有知道的吗？

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asuka2015

这个问题实际上是基因功能的检测问题，主要可以分为实验检测和生物信息学检测两大来，实验检测无非是基因敲除、基因敲入、基因过表达，然后看看实验动物或者离体细胞的表型变化，也可以使用基因的异位表达，比如在没有此种基因的工程细胞中导入此类细胞的表达载体，比如导入到酵母细胞里，观察细胞的表型变化，有时候直接观察表型变化不容易，那么就观察该基因表达后的下游的蛋白质是哪些，有没有出现与已知的细胞的抑癌基因的特异性的蛋白质或者基因表达的网络和细胞信号传导特异性网络相同的网络。
从生物信息学角度预测基因功能，主要是顺式元件、编码区序列、编码产物的序列等与已知的抑癌基因的同类元件有类似和相同的角度加以预测。

就说这些吧，这个网站很奇怪，我只要多回答一些文字，或者贴上英文专业文献，就准要进行审查，多半还给我删除了！

asuka2015

呵呵。。。果然，我回答的长的那个帖子又被论坛删除了，看来管理论坛这帮人还是没有接受教训！

baierlug

asuka2015 发表于 2014-11-30 21:16
呵呵。。。果然，我回答的长的那个帖子又被论坛删除了，看来管理论坛这帮人还是没有接受教训！ ...

表达序列标签都是第一代测序了，基本被淘汰了吧，不知道那位原作者是哪一年写的那些了

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asuka2015

第一代测序也未必就没有用！新一代测序也不是所有的修饰都能测出来，有时修饰碱基用MS-MS可以高通量测出，但是首先要用MS-MS测定抑制状态的修饰碱基。旧的技术未必没有用，比如Edman降解，很方便，如果没有修饰氨基酸的话，或者能够事先用HPLC或其他偶联Edman降解的方法测定出修饰的氨基酸残基的话！MS-MS测定多肽序列是高技术，但是多于50个氨基酸，目前的信息处理水平很难求解，尚且不说是成本。

baierlug

asuka2015 发表于 2014-11-30 23:11
第一代测序也未必就没有用！新一代测序也不是所有的修饰都能测出来，有时修饰碱基用MS-MS可以高通量测出， ...

。。。你在什么地方上什么学现在？

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baierlug

asuka2015 发表于 2014-11-30 23:39
我明天就要飞往太平洋的另一岸了，像你们这样积极地讨论考研专业问题的现象，已经很久没有出现过了！大家 ...

逼出来的，，你去那儿干什么？解救处于水深火热的美国同志们去？

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baierlug

asuka2015 发表于 2014-11-30 23:39
我明天就要飞往太平洋的另一岸了，像你们这样积极地讨论考研专业问题的现象，已经很久没有出现过了！大家 ...

还想着等考研结束你再走呢。你走了没参考答案了

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asuka2015

实际上预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站

具体请参见：
薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，其中有GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html  的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html  ,PromoterScan（启动子区域预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan  的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net  下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org  进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org  .

生物信息学参考书：
1.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank
下载后即可阅读。
2.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版）
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank
下载后好像无法解压，楼主试试看吧，至少“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”肯定能够用。
“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”都是讲的生物信息学数据库和生物信息学软件的具体应用，很容易看懂并且自己上手操作，不过没有讲述各种算法的原理。
如果要更深入学习生物信息学，建议学习：
1.Pierre Baldi etal.,Bioinformatics------the Machine Learning Approach,MIT press,2001,千万不要看该书的翻译版本，翻译版烂的难以想象，翻译版就连条件概率的公式的含义都不知道怎么解释！
2. 2.M.Zvelebil ,J.O.Baum 著（2008），李亦学、郝沛 主译，理解生物信息学，科学出版社，2012，这本书的英文原版，我还没有见过，此书内容丰富，解析详细，但是让人非常不爽的是全书所有的数据库和软件下载处均未在正文中给出具体网址，而是每章末的参考文献中给出带有具体网址的SCI文献。
3.李霞、李亦学 主编，生物信息学学习指导与习题集，人民卫生出版社，2011，现在大陆唯一的一本生物信息学习题解答，包括上机题目中不少也有文字版本的具体解答。
4.M.Michael Gromiha,Protein Bioinformatics:From Sequence to Function,Elsevier,2001.

就先说这些吧，意见仅供参考。

可以用BioEdit或者DNAstar进行ORF预测。
启动BioEdit，选择File-->Open...,打开所要分析的DNA序列文件（碱基序列），如果不知道你的DNA序列文件（碱基序列）是哪一种格式，则选择对话框中"All Files"，BioEdit能够自动转换为其作支持的文件格式，但是有时可能有异常，建议DNA序列文件（碱基序列)使用FASTA格式。而后点击文件名称（对话框左边的你的DNA序列文件（碱基序列）的自取名字），选择Edit---->Search---->Find Next ORF,搜索时根据菜单上的Options---->Prefernce---->ORFs，设定起始密码子、终止密码子，order letter codes 等参数，搜索出来ORF后，选择Sequence----->Nucleic Acids---->Translate ----->Selection,程序会将翻译出的DNA序列标注上氨基酸，成为蛋白质序列。然后通过选择复制，把获得的文件保存下来。
至于格式转换，DNAstar就能够进行文件格式转换。
预测ORF时结合上面写的：GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html  的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html  ,PromoterScan（启动子区域i预
测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan  的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net  下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org  进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org  .这部分湘江：薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，
DNAstar也可以进行ORF预测，今天没有时间了，具体请见网上的DNAstar软件使用说明。

用BioEdit或者DNAstar进行ORF预测。
启动BioEdit，选择File-->Open...,打开所要分析的DNA序列文件（碱基序列），如果不知道你的DNA序列文件（碱基序列）是哪一种格式，则选择对话框中"All Files"，BioEdit能够自动转换为其作支持的文件格式，但是有时可能有异常，建议DNA序列文件（碱基序列)使用FASTA格式。而后点击文件名称（对话框左边的你的DNA序列文件（碱基序列）的自取名字），选择Edit---->Search---->Find Next ORF,搜索时根据菜单上的Options---->Prefernce---->ORFs，设定起始密码子、终止密码子，order letter codes 等参数，搜索出来ORF后，选择Sequence----->Nucleic Acids---->Translate ----->Selection,程序会将翻译出的DNA序列标注上氨基酸，成为蛋白质序列。然后通过选择复制，把获得的文件保存下来。
至于格式转换，DNAstar就能够进行文件格式转换。
预测ORF时结合下面操作：GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html  的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html  ,PromoterScan（启动子区域i预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan  的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net  下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org  进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org  .这部分湘江：薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，
DNAstar也可以进行ORF预测，今天没有时间了，具体请见网上的DNAstar软件使用说明。

DNAstar中的SeqMan软件包也可以用于序列拼接。启动：DNAstar中的SeqMan，选择File--->New，建立一个新文件，在Unassembled Sequences窗口，既然要拼接DNA序列，肯定不止一个文件，把它们都建在在Unassembled Sequences窗口下的大的对话框里，自己对每一个文件七个文件名。然后选择窗口上端的“add Sequence”按键，选择要拼接的各个文件，或者就选Add All键。窗口上有个"Trim Ends"，点击打开，拉下菜单，在里面选项里选择一些优化的选项选择严谨度。退出对话框，再点击Unassembled Sequences窗口右边的Options按键，打开Options菜单，显示转配前的全部选择一览表，单击Scan All，可以自行根据对话框内的各种提示调整设定或者使用默认设定，为调整好的话，程序会有提示。设定好之后退出Options菜单，返回Unassembled Sequences窗口界面，点击左上角的Assemble按键，Unassembled Sequences窗口立即消失，报告窗口会显示装配进度。
拼装完毕后，点击Contig---->Alignment View观看信息，在Alignment of  Contig窗口中。
如果输入的序列信息DNAstar无法识别，可以用DNAstar的文件转换功能转换文件格式后再拼接序列。
具体操作可以参考网上的最新版本的DNAstar程序与对应软件说明。

核酸序列数据库，GeneBank:http://www.ncbi.nlm.nih.gov   , EMBL: http://www.ebi.ac.uk/embl/   ,
DDBJ://www.ddbj.nig.ac.jp  .

我以前回答别人的提问的帖子。

风的疯

学姐好厉害！

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