您所查看的帖子来源于考研论坛(bbs.kaoyan.com)
TGREASE Web Server([url]http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www/grease.htm)[/url]，以Transferrin为例演示。
S B"v \.G7g(n
TGREASE是沿蛋白质序列长度计算其疏水性的工具（Kyte和Doolittle，1982）[BSA050303]。“疏水性”是每种氨基酸所固有的特性，即氨基酸远离周围水分子，将自己包埋进蛋白质核心的相对趋势。这一趋势加上空间立体条件和其它一些因素决定了一个蛋白质最终折叠成的三维空间构象。因此，TGREASE对预测球状蛋白内埋区以及判断待定跨膜序列等方面都有应用。TGREASE属于FASTA系列程序之一，可以从Virginia大学得到，并可以作为独立程序在Mac或Dos系统下运行。
.R.PU _$K[&b(md`
\%V ~.XtZ'R;A7w
疏水性预测的方法依赖于疏水性的衡量尺度，这里每个氨基酸根据其一系列的物理特性（例如，溶解性、跨越水－汽相时产生的自由能等），被赋予一个数值以代表其疏水性。具有更高正值的氨基酸具有更大的疏水性；而具有更低负值的氨基酸则更加亲水。然后，沿蛋白质序列的疏水性的移动平均值，或者称为亲/疏水性索引被计算出来。窗口的宽度是可以调整的，这里推荐7－11残基的窗口宽度以获得更多的信息和更少的噪声干扰。最后把结果绘制成亲/疏水性－残基序号的线形图。图11.2是用人的白介素8受体B作的TGREASE图。图中的峰与实际跨膜区段的位置虽然不完全一致，但二者的相关性已经相当明显。要注意的是这种方法不仅仅预测跨膜区段，还预测所有的疏水区。专门用来检测跨膜区段的方法将在后面专门讨论。
转载请注明出自bbs.kaoyan.com,本贴地址:
http://bbs.kaoyan.com/viewthread.php?tid=1696535